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6 3D热图的绘制教程
基于《热图绘制教程》专栏#xff0c;本教程已更新了5个章节#xff0c;不知道大家是否有所收获。对于小杜个人来说#xff0c;真的需要不断的复习和练习才可以记住#xff0c;但…本期教程 原文链接https://mp.weixin.qq.com/s/EyBs6jn78zOomcTv1aP52g
6 3D热图的绘制教程
基于《热图绘制教程》专栏本教程已更新了5个章节不知道大家是否有所收获。对于小杜个人来说真的需要不断的复习和练习才可以记住但是在自己使用的时候也需要重复的看自己的学习笔记。这就是“为什么需要我们不断地练习”的原因吧。
《热图绘制教程》专栏我们通说更新发哦《生信知识库》中你可以到知识库中查看和学习。
6.1 安装和加载所需的包
library(ComplexHeatmap)6.2 加载所需数据
set.seed(123)
mat matrix(rnorm(500), ncol 10)
colnames(mat) letters[1:10]
head(mat)a b c d e f g h i j
[1,] -0.56047565 0.25331851 -0.71040656 0.7877388 2.1988103 -0.37560287 -0.7152422 1.0149432 -0.07355602 1.4304023
[2,] -0.23017749 -0.02854676 0.25688371 0.7690422 1.3124130 -0.56187636 -0.7526890 -1.9927485 -1.16865142 1.0466288
[3,] 1.55870831 -0.04287046 -0.24669188 0.3322026 -0.2651451 -0.34391723 -0.9385387 -0.4272793 -0.63474826 0.4352889
[4,] 0.07050839 1.36860228 -0.34754260 -1.0083766 0.5431941 0.09049665 -1.0525133 0.1166373 -0.02884155 0.7151784
[5,] 0.12928774 -0.22577099 -0.95161857 -0.1194526 -0.4143399 1.59850877 -0.4371595 -0.8932076 0.67069597 0.9171749
[6,] 1.71506499 1.51647060 -0.04502772 -0.2803953 -0.4762469 -0.08856511 0.3311792 0.3339029 -1.65054654 -2.6609228绘制密度分布图
densityHeatmap(mat)绘制密度直方图
frequencyHeatmap(mat)为了进一步让热图呈现出3D使用use_3d TRUE进行修改参数
frequencyHeatmap(mat, use_3d TRUE)6.3 如何实现3D热图呢
在ComplexHeatmap文档中也说给出的如何实现3D热图的实例及原理。我们作为初学者也可以简单的学习一下我们这里说的是简单的学习不需要我们深入的学习。为什么呢我们并不是作为开发者的角度我们只是作为使用者。
简单的3D图形
bar3D(x 0.5, y 0.5, w 0.2, h 0.2, l unit(1, cm), theta 60)x: x coordinate of the center point in the bottom face. Value should be a unit object. If it is numeric, the default unit is npc.y: y coordinate of the center point in the bottom face.w: Width of the bar (in the x direction). See the following figure.h: Height of the bar (in the y direction). See the following figure.l: Length of the bar (in the z direction). See the following figure.theta: Angle for the projection. See the following figure. Note theta can only take value between 0 and 90.
简单的总结就是设置长,宽,高以及角度的方向。
填充颜色
bar3D(x seq(0.2, 0.8, length 4), y 0.5, w unit(5, mm), h unit(5, mm), l unit(1, cm), fill c(red, green, blue, purple))
6.4 Heatmap3D()函数使用
实例
set.seed(7)
mat matrix(runif(100), 10)
rownames(mat) LETTERS[1:10]
colnames(mat) letters[1:10]
Heatmap3D(mat, name mat, column_title This is a 3D heatmap)mat readRDS(system.file(extdata, measles.rds, package ComplexHeatmap))
year_text as.numeric(colnames(mat))
year_text[year_text %% 10 ! 0]
ha_column HeatmapAnnotation(year anno_text(year_text, rot 0, location unit(1, npc), just top)
)
## 修改颜色
col_fun circlize::colorRamp2(c(0, 800, 1000, 127000), c(white, cornflowerblue, yellow, red))
ht_opt$TITLE_PADDING unit(c(15, 2), mm)Heatmap3D(mat, name cases, col col_fun,cluster_columns FALSE, show_row_dend FALSE, show_column_names FALSE,row_names_side left, row_names_gp gpar(fontsize 8),column_title Measles cases in US states 1930-2001\nVaccine introduced 1961,bottom_annotation ha_column,heatmap_legend_param list(at c(0, 5e4, 1e5, 1.5e5), labels c(0, 50k, 100k, 150k)),# new arguments for Heatmap3D()bar_rel_width 1, bar_rel_height 1, bar_max_length unit(2, cm)
)6.5 补充
对于3D热图的绘制Jokergoo也在评论区进行一个问题的补充说明
library(ComplexHeatmap)
library(circlize)m matrix(1:36, nrow 6, byrow TRUE)
m t(apply(m, 1, sample))Heatmap3D(m, cluster_rows FALSE, cluster_columns FALSE)m2 t(scale(t(m)))col_fun colorRamp2(c(-1.5, 0, 1.5), c(blue, white, red))Heatmap(m2, col col_fun, rect_gp gpar(type none),layer_fun function(j, i, x, y, w, h, f) {v pindex(m, i, j)od rank(order(-as.numeric(y), -as.numeric(x)))grid.rect(x[od], y[od], w[od], h[od], gp gpar(col white,fill #EEEEEE))bar3D(x[od], y[od], w[od] * 0.6, h[od] * 0.6, v[od]/max(m) * unit(1, cm),fill f[od])}, cluster_rows FALSE, cluster_columns FALSE)往期文章
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