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前面已经安装好了需要的软件#xff0c;那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。从 SRA 数据库下载数据有多种方法。可以用ascp快速的来下载 sra 文件#xff0c;也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件。另外sra-tools的prefetch也支…下载数据
前面已经安装好了需要的软件那么我们现在需要下载我们练习需要用到的sra数据。从 SRA 数据库下载数据有多种方法。可以用ascp快速的来下载 sra 文件也可以用wget或curl等传统命令从 FTP 服务器上下载 sra 文件。另外sra-tools的prefetch也支持直接下载。在此处我用的是prefetch因为ascp我尝试了很多次都没成功遂放弃了。
说明由于数据量大计算量也大此处已换成服务器非Mac。
1.去NCBI下载SRR.txt 点击下图红框的位置获取SRR.txt文档内容是SRR号码一个号码占据一行 2.prefetch下载数据 1conda activate rna_seq 说明服务器所建立的虚拟环境是rna_seq并按照前面的步骤安装好软件包 2mkdir -p my_project/airway/raw 新建raw文件夹用于存放下载的sra数据,并将SRR.txt放到airway文件夹下 3cd ./my_project/airway/raw 4)cat ../SRR.txt |while read id;do (prefetch ${id} );done 挂服务器后台下载因为没有用上ascp所以这里是通过HTTPS方式下载的下载速度很慢就晚上放着第二天早上下完就行。 下载完之后可以检查一下数据大小这里数据大小是没问题的如果遇到大部分数据是1-3G有个别数据是200多M的那就要检查一下是不是下载不完整。 5mkdir sra在airway目录下新建一个sra目录,然后将所有.sra文件复制到此处for i in ls raw;do cp ./raw/$i/*sra ./sra;done 3. sra转换成 fastq 格式
ls *sra|while read id;do (nohup fastq-dump --split-3 --gzip -O ./ ${id} );done可以看到数据正在转换中数据较大需要等一段时间才能转换完毕 长腿猴子请来的救兵 写于2023年11月20日
