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HDF5 是 Hierarchical Data Format version 5 的缩写#xff0c;是一种用于存储和管理大量数据的文件格式一个h5py文件可以看作是 “dataset” 和 “group” 二合一的容器 dataset : 数据集#xff0c;像 numpy 数组一样工作group : 包含了其它 dataset 和 其它 …1 HDF5文件
HDF5 是 Hierarchical Data Format version 5 的缩写是一种用于存储和管理大量数据的文件格式一个h5py文件可以看作是 “dataset” 和 “group” 二合一的容器 dataset : 数据集像 numpy 数组一样工作group : 包含了其它 dataset 和 其它 group 2 读取文件
以t2vec的 data/porto-vocab-dist-cell100.h5 为例
import h5py
import numpy as npdata_dir/home/ruizhichai/t2vec/data/porto-vocab-dist-cell100.h5fileh5py.File(data_dir,r)
#打开文件
2.1 keys:获取h5文件中所有组和数据集的名称
file.keys()
#KeysViewHDF5 [D, V]
2.2 visit根据指定的函数来遍历.h5文件的组和数据集
file.visit(lambda x: print(x))D
V2.3 读取每个数据集的内容
file[D][:].shape,file[D][:]((18866, 10),array([[ 0. , 0. , 0. , ..., 0. ,0. , 0. ],[ 0. , 0. , 0. , ..., 0. ,0. , 0. ],[ 0. , 0. , 0. , ..., 0. ,0. , 0. ],...,[ 412.31056256, 400. , 316.22776602, ..., 223.60679775,141.42135624, 200. ],[1486.60687473, 1389.24439894, 1476.48230602, ..., 447.2135955 ,100. , 0. ],[ 761.57731059, 707.10678119, 670.82039325, ..., 100. ,0. , 200. ]]))3 写HDF5文件
data_dirtst.h5fileh5py.File(data_dir,w)3.1 创建组
grp_1file.create_group(group_1)
grp_2file.create_group(group_2)
3.2 向组/file根目录写文件
lst1np.arange(10)
lst2np.arange(5,8)
lst3np.arange(6,10,2)grp_1.create_dataset(lst1,datalst1)
grp_2.create_dataset(lst2,datalst2)
file.create_dataset(lst3,datalst3)file.keys()
#KeysViewHDF5 [group_1, group_2, lst3]file[group_1].keys()
#KeysViewHDF5 [lst1]file[group_1][lst1][:]
#array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9])
